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Jan van der Zee zeichnete seit seiner Kindheit. Sein Zeichenlehrer an der HBS in Leeuwarden brachte ihn in Kontakt mit Jan Mankes, bei dem er einige Zeit Zeichenunterricht nahm. Van der Zee wurde an der Academy Minerva (1919-1922) in Groningen ausgebildet, wo er unter anderem von FH Bach und Willem Valk unterrichtet wurde. Van der Zee malte (Gouache, Öl) und Aquarelle Landschaften, Porträts, Stillleben und Stadtansichten. Er fertigte auch Grafiken in Form von Linol- und Holzschnitten an. Van der Zee gehörte zu den frühen niederländischen Konstruktivisten. Obwohl er seine Sujets innerhalb der figurativen Arbeiten abstrahierte, wurden sie nie wirklich abstrakt.
1922 gründete er mit Wobbe Alkema und Johann Faber die Werbeagentur Atelier Voor Artistic Advertising (AVAR), sie mieteten Atelierräume in der Noorderstationsstraat in Groningen. Van der Zee war Mitglied von De Ploeg (1923-1948), dann von Het Narrenschip. 1958 war er Mitbegründer der Groninger Malergruppe Nu. 1965 erhielt er den Kulturpreis der Provinz Groningen. 1986 zeigten das Fries Museum und das Groninger Museum eine große Retrospektive seines Schaffens.
Van der Zee war nicht nur als Maler tätig, sondern schuf auch Monumentalwerke. Beispiele sind die Treppe an der Naberpassage auf dem Grote Markt (1975, ) und die Mosaikwand (1960) vor der Lehrerbildungsanstalt an der Verzetvluchterslaan. Er fertigte eine Reihe von Buntglasfenstern für die Martinikirche an.
Die Treppe auf dem Grote Markt musste 2013 dem Bau des Forums weichen, kehrte aber 2023 als Blickfang eines Neubauprojekts auf dem Reitdiep zurück.[